A Malásia fez sua estreia nas Paralimpíadas em 1972, em Heidelberg, Alemanha.
A Malásia tem competido regularmente nas Paralimpíadas desde 1988. A nação participou pela primeira vez das Paralimpíadas em 1972, em Heidelberg, para onde enviou quatro atletas. Nas três edições seguintes, o país ficou de fora dos jogos. Mas, desde 1988, a Malásia participou de todas as edições das Paralimpíadas.
As performances começaram a melhorar para a Malásia a partir das Paraolimpíadas de Seul de 1988. Mariappan Perumal foi o primeiro atleta da Malásia a ganhar uma medalha nos jogos. Ele ganhou o bronze no levantamento de peso masculino de 57 kg com um melhor levantamento de 165 kg. Perumal participou de sete edições dos jogos e ganhou duas medalhas.
O levantador de peso fez sua estreia paralímpica em 1988 em Seul e participou de todas as edições até os jogos de Londres de 2012. Ele novamente ganhou a medalha de bronze nas Paralimpíadas de Barcelona de 1992 no levantamento de peso masculino de 60 kg. Os jogos de 1992 viram a Malásia ganhar três medalhas.
Cheok Kon Fatt garantiu a primeira medalha de prata do seu país nos jogos em 1992. Ele terminou com uma melhor tentativa de 170 kg no levantamento de peso masculino de 52 kg.
Houve uma seca de medalhas nas três edições seguintes, já que os jogos de Pequim de 2008 viram a história sendo criada para a Malásia. Siow Lee Chan se tornou a primeira mulher medalhista paralímpica da Malásia. Ela ganhou o bronze no levantamento de peso feminino de 56 kg com uma melhor tentativa de 95 kg. Foi a única medalha do país nos jogos.
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Os jogos do Rio de 2016 viram mais uma história sendo criada para a Malásia. Três atletas ganharam medalhas de ouro em eventos de atletismo. Mohamad Ridzuan Mohamad Puzi ganhou o ouro na categoria masculina de 100m T36 com um tempo de 12,07 segundos. Abdul Latif Romly ganhou o ouro no evento masculino de salto em distância T20 com um melhor salto de 7,60m.
Muhammad Ziyad Zolkefli garantiu o terceiro ouro no evento de tiro masculino F20 com um melhor lançamento de 16,84 m. Os jogos de Tóquio viram Abdul Latif Romly se tornar o primeiro malaio a ganhar duas medalhas de ouro nos jogos. A nação coletou cinco medalhas, consistindo de três ouros e duas pratas.
Total de medalhas conquistadas pela Malásia em todas as edições das Paraolimpíadas
| Jogos | Ouro | Prata | Bronze | Total |
| 1988 Seul | 1 | 0 | 1 | 1 |
| Barcelona de 1992 | 0 | 1 | 2 | 3 |
| Pequim 2008 | 0 | 1 | 1 | 2 |
| Londres 2012 | 0 | 2 | 4 | 6 |
| 2016 Rio de Janeiro | 3 | 1 | 4 | |
| Tóquio 2020 | 3 | 2 | 0 | 5 |
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